Vatikanski muzeji se nalaze u Vatikanskoj palači koje s 1400 soba tvore izvanredno važan muzejski sklop, kako zbog množine i vrijednosti remekdjela koje su razni pape skupljali stoljećima, tako i zbog raskošnih prostorija u kojima su smještena. Vatikanske palače su veličanstveni zbir zgrada s mnogobrojnim sobama, dvoranama, muzejima, galerijama, bibliotekama, kapelama, hodnicima, dvorištima i vrtovima, bogati svakojakim umjetničkim blagom. U Vatikanske muzeje ulazi se iz Vatikanske aleje. Najveća kolekcija neprocjenjivih antikviteta i umjetnina na svijetu nalazi se u muzeju "Pio Clementino" i muzeju "Chiaramonti". No, najveća kolekcija talijanskih i europskih slika se čuva u 18 soba vatikanske pinakoteke. S Vatikanskim muzejima su povezane Rafaelove sobe i Sikstinska kapela.
Papa Pavao VI. otvorio je muzej suvremene sakralne umjetnosti 1973. Od 1973. godine Mario Ferrazza je odgovoran za prikupljanje umjetnina. Zbirka se sastoji od gotovo 800 radova od 250 međunarodnih umjetnika. Muzej moderne umjetnosti posjeduje slike umjetnika kao što su: Auguste Rodin, Vincent van Gogh, Paul Gauguin, Maurice Denis, Odilon Redon, Vasilij Kandinski, Marc Chagall, Paul Klee, Ernst Barlach, Max Beckmann, Otto Dix, Maurice Utrillo, Giorgio de Chirico, Giorgio Morandi, Georges Rouault, Oskar Kokoschka, Bernard Buffet, Renato Guttuso, Giacomo Balla, Francis Bacon, Giacomo Manzù, Eduardo Chillida, Salvador Dalí i Pablo Picasso.
Muzej Pio-Clementino, nosi taj naziv jer je veličanstvena i bogata ostavština dvojice papa koji su živjeli u 17. stoljeću, Klementa XIV. i Pija VI.
Osnovao ga je Pio VII. Chiaramonti (1800.-1823.), a čine ga Hodnik (Corridoio), Lappidarij (Galleria Lapidaria) i Novi krak (Braccio Nuovo) koji odražavaju tipičan neoklasičan duh.
Duž Hodnika su kipovi, poprsja, sarkofazi, reljefi itd., sve u svemu – gotovo 800 raznovrsnih antičkih djela. U Lapidariju je više od 5000 poganskih i kršćanskih natpisa. U Novom kraku ističe se Augustov kip (August Prima Porta) pronađen 1863. na Flaminijevoj cesti, a tu ga je postavio Pio IX. Kolosalna grupa "Nil" je egipatska skulptura koju je, između brojnih umjetnina, August ponio nakon bitke kod Akcija.
Osnovao ga je papa Grgur XVI. 1836. godine. Ovaj muzej ima osam galerije i važne komade iz etrurskih domova, koji su pronađeni za vrijeme arheoloških istraživanja.
Osnovao ga je papa Grgur XVI. 1839. godine. Ovaj muzej čuva veliku zbirku staroegipatskih predmeta. Izloženi su papirusi, mumije, hijeroglifski natpisi te replika slavne Knjige mrtvih. Muzej je podijeljen u 9 soba.
Zbirku pinakoteke započeo je skupljati Pio VI., a obogatili su je njegovi nasljednici Pio VII. i Pio X. Godine 1936. Pio XI. je dao izgraditi današnju zgradu (Luca Beltrami).
U vatikanskoj "Galeriji slika", koja je i organizirana po kronološkom redu, može se pratiti razvoj slikarstva kroz stoljeća:
Vatikanska biblioteka je prva u Europi po starosti i bogatstvu rukopisa, te bibliografskim raritetima. U raskošnoj "Sikstinskoj dvorani" izloženi su poneki veoma rijetki primjerci, među kojima rukopisna Biblija iz 4. stoljeća, četiri primjerka Vergilijevih djela iz razdoblja od 3. do 5. stoljeća, Evanđelje po Mateju iz 6. stoljeća, palimpsest koji sadrži veliki dio Ciceronova djela "De Repubblica" (rukopis iz 5. st. koji je u 7. st. sastrugan da bi se na njemu prepisalo tumačenje sv. Augustina "O psalmima" (Super psalmos), a ponovno je izašao na vidjelo u 9. st.).
U dnu biblioteke, u desnoj dvorani, dragocjena je zbirka drevnih fresaka, među kojima je najvažnije "Aldobrandinsko vjenčanje" (Nozze Aldobrandini) iz Augustova doba, koje prikazuje pripreme za vjenčanje Aleksandra Velikog i Roksane.